GT32T1（高機能タイプ）：LANポートでスルー機能は使用可能でしょうか？

可能です。
ＧＴ３２本体のＬＡＮ設定（ＩＰアドレスなど）は「ＧＴＷＩＮ」－メニューバー「ファイル」－「転送」－「ＩＰアドレス」から設定できます。
ＦＰＷＩＮ　ＧＲのＬＡＮ設定は、ＦＰＷＩＮ　ＧＲ－メニューバー「オプション」－「通信設定」から設定できます。