GTWIN：パソコン上に画面データが2つあります。この２つが同じデータかどうか確認したい。

ＧＴＷＩＮ（Ｖｅｒ２．Ｅ１）ではパソコン上の２つのデータを照合する機能はありません。
ＧＴ本体のデータと、ＧＴＷＩＮ上のデータを照合するためには、ＧＴＷＩＮにて
「ファイル」→「ユーティリティ」→「ベリファイ」
を実行する事で照合可能です。