FP-X：熱電対カセットで500.1度以上の時、K5001またはK8000と書いてありますが500.1度以上の時、どちらの値にするか選択できるという意味ですか？

選択できるという意味ではありません。

５００．１度からしばらくの間の温度ではＫ５００１という値に変換され、それ以降の温度ではＫ８０００という値に変換されます。という意味です。
考え方の例として言い換えると、マニュアルの変換特性グラフの記載のとおり、５００．１度から約５２０度まではＫ５００１と変換され、約５２０度以上になるとＫ８０００という値に変換されます。という意味です。