FP0R：FP0からFP0Rに変更したら、電源投入時のX(入力)信号を取り込まなくなった。

ＦＰ０には無く、ＦＰ０Ｒで追加された機能として、「本体入力時定数設定」があります。
この機能は初期値１ｍｓとなっており、それが原因で今回の想定外の動作になっている可能性があります。
対象の入力を「１ｍｓ」から「無し」に変更することで改善される可能性があります。
ＦＰＷＩＮ　ＧＲの「オプション」→「PLCｼｽﾃﾑﾚｼﾞｽﾀ設定」→「本体入力時定数設定」
から値を変更していただき、動作確認をお願いします。