ＦＰ２パルス出力ユニットで３軸個別には動くのですが同時に動かすとプログラムの後ろの方に記述してある軸しか動きません。

３軸とも動かすのであれば、共有メモリ１４０ｈ，１４１ｈにＦＦＦＦＦ６６６のように各軸動作の設定を一度に設定してください。後はイネーブル信号がＯＮし、スタート信号がＯＮすればパルスを同時に出すことが出来ます。