FP0：F168（SPD1）命令で近傍センサを使わずに原点センサだけで原点復帰を行うことができますか?

可能です。
制御コード動作モードの選択をH20、H22、H23のいずれかに指定することにより、近傍センサに関係なく、原点センサを検出した時点でパルスを停止します。