プログラム以外にデータレジスタなどの内容をROM化することができますか?

可能です。
FPWIN GRの「ROM⇔RAM転送」の”RAM→ROM転送”を選択し”データ”ボタンをクリックすると”データレジスタ範囲設定”画面が現れ、そこでROM化したい内容を設定できます。