高速カウンタ目標値一致ＯＮ命令（Ｆ１６６）を使用していますが、たまに実行しないときがあります

Ｆ１６６命令などは微分命令（ＤＦ）と組合わせて使用します。
実行条件が成立すると制御中フラグがＯＮし、条件が一致した時に出力を操作します。

ただし、制御中フラグがＯＮしているときにＲＵＮ中書き換えが実行されると、制御中フラグがＯＦＦし、制御がクリアされます。

たまに実行しないときとはＲＵＮ中書き換えした時ではありませんか？
ＲＵＮ中書き換え完了フラグ（Ｒ９０３４）を使用していただくか、制御中はＲＵＮ中書き換えしないようにしてください。