FPWIN GR：コメントメモリ付きPLCへプログラム転送を行う場合、プログラム部分だけ転送することは可能ですか。

ＰＬＣへプログラム部分のみ転送することは可能です。
メニューバーの[オプション]→[環境設定]内の「プログラムアクセスモード」の項目で「プログラムのみ」にチェックをいれてください。これでプログラムだけが転送されます。

既に、PLC内部に不要なコメントが存在する場合は、メニューバーの[編集]→[プログラム消去]を実行しコメントメモリの内容を消去してから実行してください。