FPWINGRにてオンライン編集していますが、I/OコメントをRUN中書き換えしてもプログラムを読み出すと消えてしまう。

オンラインのプログラム編集では、ＰＬＣ内のプログラムは書き換えていますが、ＰＬＣ内のコメントファイルは書き換えできていません。ご質問から推察すると、オンライン編集にてプログラムとコメントの両方を書き換えていると勘違いされているようです。ＰＬＣ内のコメントファイルを書き換える方法は、プログラムアクセスモードを「プログラム＆コメント」にした状態でプログラムを「ＰＬＣへダウンロード」する必要があります。

ＦＰＷＩＮＧＲの環境設定にてプログラムアクセスモードを「プログラム＆コメント」にした上で、メニューバー「ファイル」→「PLCへのダウンロード」を選択するか、ダウンロードのアイコンをクリックすれば書き込みしてください。